Do najcięższych chorób dziecięcych zaliczany jest zespół Kannera, czyli autyzm wczesnodziecięcy. Jest to schorzenie o podłożu neurologicznym, niestety dziś wciąż nieuleczalne (choć może być leczone, co pomaga w rozwoju dziecka). Najczęściej przyczyną autyzmu jest wada genetyczna (przekazywana przez rodziców skłonność do zaburzeń), jednak istnieją także inne zjawiska, mogące powodować występowanie zespołu Kannera. Należą do nich: dziecięce porażenia mózgowe, kłopoty z metabolizmem (nieprzyswajalnie kazeiny oraz glutenu), zespół nieszczelnego jelita, uszkodzony układ nerwowy, intensywne leczenie antybiotykami w wieku niemowlęcym, zatrucie rtęcią czy choćby wrodzona toksoplazmoza (zarażenie pierwotniakiem Toxoplasma gondii). Od 1998 roku trwa również dyskusja o możliwości wywoływania autyzmu przez szczepionki przeciw odrze i różyczce. Spór ten do dziś pozostaje nierozstrzygnięty.