Jak większość zaburzeń ze spektrum autyzmu również zespół Aspergera często współwystępuje z innymi defektami. Najczęściej jest to tak zwana dyspraksja, czyli kłopoty o charakterze motorycznym - niezdarne kroki, sztywność ruchów, niezręczność manualna, problemy z szybkim pisaniem i z rysowaniem (czasem dzieci autystyczne z dyspraksją mają także dysleksję). Łączy się to także z zaburzeniami równowagi i niezdolnością do naśladowania innych ludzi. Innymi chorobami towarzyszącymi często zespołowi Aspergera są: ADHD, bezsenność, tiki nerwowe, zaburzenia obsesyjno-kompulsywne (nerwica natręctw, obsesyjne myśli i niekontrolowane zachowania), tak zwane stereotypie ruchowe (czyli powtarzające się bezsensowne ruchy), znaczne wyostrzenie lub przytępienie zmysłów. Są to bardzo nieprzyjemne schorzenia, mogące utrudniać normalne funkcjonowanie.